混迹市井街头的小燕子，和多才多艺的紫薇，偶然在京城相识相惜，然而命运弄人，假格格小燕子迷糊的进入皇宫成为「还珠格格」，真格格紫薇心碎的进入学士府，两人阴错阳差交换了身分。　
　　进宫后的小燕子，发现和自己在街头打过一架的「洋鬼子」，竟是宫廷画师班杰明，小燕子担心班杰明暴露她的真实身分，于是和班杰明在宫廷里发生许多「猫捉老鼠」的趣事，班杰明也在这些「奇妙的交手」中，深深被小燕子独特的魅力所吸引。
　　和班杰明情同手足的五阿哥永琪，起先因射伤小燕子而深深内疚，接着发现小燕子是「假格格」而胆战心惊，然后，又被小燕子各种特立独行的行径和「意外」，弄得应接不暇。看到她坦率纯真，敢说敢做，不断挑战皇宫陋规，不禁为她大大倾倒。于是，永琪和班杰明之间，展开了一场微妙的「君子之争」。
　　尔康知道紫薇的真实身份，但见紫薇有家归不得，有父不能相认，不禁对紫薇心生爱怜，进而相知相许。从此，紫薇的世界，被深情的尔康填满。尔康带领紫薇走入两人专属的秘密基地，并在花海、草原、翠湖、幽幽谷……山山水水中，见证了两人的山盟海誓。
小燕子从街头卖艺的女子，变成皇宫里的格格，生活起居，食衣住行，全部无法适应，闹了一个又一个的笑话。同时，口无遮拦，和皇后结下了深仇大恨。但她不以为意，陷入危险也不自知。永琪和班杰明经常为解救她而弄得手忙脚乱，一中一西的哥儿们，成了她奇异的「左右护法」。尔康的弟弟尔泰是永琪的伴读，当然也成为小燕子的保护者。
　　尔康为了能与紫薇创建未来，忍痛将紫薇和她的丫头金琐，送进皇宫和小燕子作伴。小燕子与紫薇重逢后，在皇宫如虎添翼，两人在宫里连手制造许多的震撼，也经历许多的「惊涛骇浪」和「水深火热」。紫薇的领导能力和智慧，在此时完全发挥出来，常常完成一些「不可能的任务」。虽然完成时，都伴着泪水和伤痕。在漱芳斋中，陪伴着两人一起哭一起笑的，还有被小燕子视为一家人的宫女太监——漱芳斋忠心耿耿的「四宝」及「二美」，当然还有和紫薇情同手足的金琐！
　　宫外，和小燕子一起长大的柳青柳红，在几番周折后，也知道真假格格的秘密。班杰明、尔康常为紫薇和小燕子当信差，和柳青柳红成为朋友。当乾隆越来越喜欢小燕子之后，还破例让尔康把柳青柳红带进宫，给小燕子和紫薇带来大大的惊喜。这往日的伙伴，和漱芳斋的众人，也在宫内创造了一个让整个宫廷震动的大惊喜，报答了乾隆，征服了晴儿，感动了太后，却气坏了皇后！
　　永琪的生母愉妃，是个善良敦厚，低调而认命的女人，她所有的希望，都寄托在永琪身上，当小燕子闯进永琪的生命，也等于闯进了愉妃的生命。小燕子虽把永琪当哥儿们，心无城府，却很想让愉妃喜欢自己，她的努力，在「小燕子式」的意外中，一次次的「弄巧成拙」。对于有佛心的太后，也是如此。唯独太后身边的晴格格，却深深欣赏着漱芳斋里两位「奇女子」。
　　小燕子从班杰明那儿，学习到「Surprise」一字的意义。从此迷上这个游戏，常常制造「惊喜」给大家。但是，她的「惊喜」有时会变成「惊吓」。这种惊喜和惊吓，是漱芳斋轮番上演的美梦和恶梦。尔康、永琪、班杰明、尔泰四人，也在这些美梦和恶梦中，扮演着护花使者，经常弄得个个筋疲力尽，遍体鳞伤。却也在这些「震撼」中，领略到人间最深刻的喜悦。
　　于是，小燕子、紫薇和一群宫中的年轻人，他们在笑容与泪水的交织中，在威权与自由的矛盾中，在真情和至性的本能下，创造出一个又一个的奇迹。各种稀奇古怪，不可思议的故事，纷至沓来……组成了这部「燕儿翩翩飞」的传奇。